民國三十七年建立新營的健康監護室和管轄下的公社醫院。。
民國四十八年改為新營衛生服務中心。
民國五十年下轄新營鎮政府辦公室。
民國七十年因台南市衛生局健康中心信息系統啟動，改為新營市保健中心。
民國七十一年成立診所並服務醫療保健及醫療門診至今。
民國九十九年十二月二十五日，因原臺南縣市合併升格為直轄市，改制為臺南市新營區衛生所，屬臺南市政府二級機關，隸屬臺南市政府衛生局。